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Unverbaute Auwälder sind in Bayern eine Seltenheit geworden. An der Isar sind noch einige sehr naturnahe Auwälder erhalten. Im Oktober 2017 sind die Isarauen als weiterer Suchraum zu der Nationalparkkulisse „Donauauen“ hinzugekommen: Die Isarauen zwischen München und Moosburg. Diese staatlichen Wälder werden vom BaySF Forstbetrieb Freising bewirtschaftet.
Auch in der Greenpeace / Bund Naturschutz-Studie werden die bedeutsamen Auen an der Isar mit 2.250 ha als Naturwälder gefordert.
2020 wurden im Rahmen der Naturwaldausweisungen 2.430 ha zwischen München und Moosburg sowie etwa 600 ha Isarauen im oberen Isartal als Naturwald geschützt
Die Isarauen sind auch im oberen Isartal zwischen Bad Tölz/Wolfratshausen bis nach München mit verschiedenen Auwald Entwicklungsstadien, zusammen mit den teilweise sehr naturnahen Hangwäldern bzw. Leitenwäldern, sehr schützenswert.
